表观组学

ATAC-Seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是研究染色质可及性（通常也理解为染色质开放性）的方法，利用转座酶Tn5容易结合到开放染色质的特性，对Tn5酶捕获的DNA序列进行测序，可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态。该技术目前已经成为研究染色质开放性的首选方法，可用于测定特定时空下基因组中所有处于开放状态的序列，分析调控元件，揭示转录因子结合位点以及核小体位置等，从而为研究精细化基因表达的调控、DNA印记等奠定基础。

染色质免疫共沉淀测序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，ChIP-Seq）是采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。可以在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为转录调控机制的研究打下基础。

KAS-Seq（kethoxal-assisted single-stranded DNA sequencing）是利用N3-kethoxal可在短时间内与细胞DNA单链状态的鸟嘌呤特异性结合的特点，在全基因组范围内快速和灵敏地检测由转录或其它过程产生的ssDNA，例如正在进行转录或复制活动的DNA，进而可快速准确地分析转录动态变化和增强子活性，因此该技术可应用于研究细胞特定状态下的转录调控。

Cleavage Under Targets and Tagmentation（CUT&Tag）用于识别全基因组中目标蛋白的结合位置（组蛋白修饰和转录因子），是研究DNA和蛋白质相互作用的有效工具。该实验将具有预装DNA接头并与蛋白A融合的超高活性Tn5转座酶（pA-Tn5）与一抗结合，在抗体附近切割DNA，回收标签化的DNA片段后建库测序。与ChIP-Seq相比，该技术所需的细胞量少，重复性好，数据的背景噪音低。

全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是利用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，使未发生甲基化的C变成尿嘧啶（U）并在后续PCR过程中变为胸腺嘧啶（T），而甲基化的C则不受影响，再结合二代测序技术来分析全基因组范围内的甲基化情况。WGBS可实现单碱基分辨率，构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。目前，WGBS已广泛应用于动植物和人的表观遗传学研究中。

简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集CpG岛以及启动子等区域，并经Bisulfite处理后，进行单碱基分辨率的甲基化测序。该技术性价比高，并且可显著提高CpG区域的测序深度，在启动子区域、CpG岛和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，在临床样本的大规模研究中具有广泛应用。

靶向甲基化测序（Target Bisulfite Sequencing，TBS），又叫目标区域甲基化测序。是对感兴趣的基因组区域设计甲基化引物或探针，扩增富集目标区域DNA，结合Bisulfite处理和测序来分析捕获区域DNA甲基化的方法。该技术的特点是灵活性强，可以针对任何感兴趣的区域进行个性化定制，还能提高目标区域的测序深度，增加检测准确性。可用于甲基化位点的验证以及大队列临床样本的甲基化研究。

MeRIP-Seq（Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing）是利用m6A特异性抗体免疫共沉淀捕获细胞内具有m6A修饰的RNA片段，并对富集的RNA片段进行高通量测序，以在转录组范围内对发生m6A修饰区域的进行系统检测、研究的技术。该方法可以获得RNA结合蛋白在体内与靶标的结合模式，并可精确定量其结合强度，最终通过分析目的蛋白在体内与RNA结合的动态变化来阐明目的蛋白对基因表达调控的分子机制。